Классификация типов филогенетических органов, созданная Северцовым, продолжает расширяться.
Так, в эволюции бурс и вторичной полости тела у офиур Федотов установил принцип ресубституции. Основой ему послужил случай, когда вместо присущего офиурам хорошего развития бурсы редуцируются, а вторичная полость тела по высоте развития вторично приобретает положение, свойственное, по-видимому, офиуроподобным предковым формам (Федотов, 1939). При изучении эволюции паразитических форм (Ascothoracida, Gastropoda) В. Л. Вагин (1948) обнаружил явление субституции анцестральных конечных фаз онтогенеза вновь приобретенными и в той или иной мере заменяющими анцестральную организацию.
«Благодаря таким изменениям, — писал он, — может возникнуть общая соматическая субституция, т. е. замена редуцирующегося первичного, унаследованного от предков тела вторичным, принимающим на себя все основные жизненные функции, определяющим план строения и внешнюю форму организма» (1948, с. 1017). Наблюдая субституцию эктодермы и ее производных в эволюции трематод и цестод производными другого зародышевого листка, Е. Д. Логачев (1957) нашел, что подобное явление имеет место и на тканевом уровне (гистологическая субституция железистых образований у цестод). К явлениям субституции Светлов (1959) отнес определенный Г. А. Шмидтом принцип замещения одного органогенеза другим.
В особый тип филогенетических изменений органов А. А. Парамонов (1962) выделил компенсацию функциональной недостаточности одного органа восполняющей аналогичной функцией другого или других органов, существующих синхронно с первым. Это явление получило у него наименование филогенетической компенсации органов. Под близким названием принципа компенсации функций Н. Н. Воронцов (1963) описал явление филогенетической изменчивости органов одной системы, при которых быстрое и совершенное (в смысле узкой специализации) изменение одних органов, связанное с изменением и новыми требованиями среды, компенсирует длительное отставание темпов развития других органов той же системы.
Быстро изменившиеся органы интенсифицируют при этом свои функции, тогда как интенсификация функций другого органа той же системы может не наступить вообще или же идти медленным темпом. При компенсации функций орган не приобретает новых функций, но лишь усиливает присущие ему ранее функции. Следовательно, принцип компенсации функций отличается от принципа физиологической субституции органов Федотова.