Интенсификации функции органа Северцов противопоставил принцип филогенетического ослабления функций, согласно которому любая функция клетки или органа может ослабевать.
В случае регрессивной эволюции большинство функций органа, отдельные его части или орган целиком могут исчезнуть. При регрессивной эволюции клетки любая из первичных ее функций может ослабевать до известной степени, не исчезая, однако, совершенно.
Северцов полагал, что принцип интенсификации функций будет обогащен, когда предметом детального изучения станет эволюция беспозвоночных. То обстоятельство, что беспозвоночные не были изучены им под этим углом зрения, не помешало Северцову придать принципу интенсификации функций общеэволюционное значение. «...Этот принцип входит в качестве главного действующего начала во все остальные принципы прогрессивного филогенетического развития животных».
В относительно редких случаях одна из периодически повторяющихся фаз общей функции данного органа может закрепляться и превращаться в постоянное состояние органа. Общий характер функции не меняется, однако сама функция интенсифицируется. Так, в эволюции наземных позвоночных при беге одна из периодически повторяющихся фаз движения стопоходящего животного, а именно дигитиградное (пальцеходное) движение, становится главной составной частью процесса движения. У многих хищных дигитиградное движение является постоянным признаком таксона. Таким образом, одна из фаз движения фиксируется и становится ведущей формой движения. Этот способ перехода был открыт Северцовым и получил у него название принципа фиксации фаз.
Изучая эволюцию брюшных плавников рыб, Северцов обнаружил выпадение плавниковых лучей у рыб, повлекшее за собой непосредственное причленение лопасти плавника к брюшному поясу конечностей и интенсификацию функции движения брюшных плавников. Этот и аналогичные случаи усиления главной функции органа он отнес к принципу выпадения промежуточных функций.
Наиболее распространенным типом филогенетических изменений органов Северцов считал принцип субституции органов Клейненберга. Он не только обосновал этот принцип новыми оригинальными данными, но и углубил его теоретический анализ, предложив различать два рода субституции органов: субституцию, при которой замещающий орган развивается на месте органа-предшественника, и субституцию, при которой замещающий орган развивается на другом месте.