Шмальгаузену удалось увязать учение Северцова о морфологических: закономерностях эволюции с достижениями генетики и экспериментальной биологии.
Его исследования положили начало важному повороту в развитии эволюционной теории, которая недостаточно принимала во внимание значение интегрирующих факторов в эволюции. Развивая учение об адаптациоморфоэе, Шмальгаузен предложил различать следующие основные пути биологического прогресса: расширение жизненных условий за счет приобретения приспособлений более общего значения (ароморфоз); смену соотношений со средой, при которой одни приспособления заменяются другими, биологически им равноценными (алломорфоз); узкое приспособление к частным условиям существования (теломорфоз); нарушение соотношений со средой вследствие быстрого изменения среды илп одностороннего переразвития организма (гиперморфоз); переход к более простым соотношениям со средой в случаях общего недоразвития и дегенерации (катоморфоз) и недоразвитие организма вследствие закрепления соотношений со средой, характерных для личинки или молодого организма (гипоморфоз).
Выводы Шмальгаузена звучали в 30—40-е годы парадоксально, они противоречили общепринятым взглядам. Утверждению, будто генотип является наиболее консервативным элементом организации особи, Шмальгаузен противопоставил вывод, по которому устойчивость организации обусловлена онтогенезом, организацией особи с ее сложной системой корреляций, тогда как генотип составляет наиболеё подвижный, изменчивый элемент организации, и настаивал на том, что отбор идет не по генотипам, а отбираются целостные онтогенезы. Выдающееся значение трудов Шмальгаузена заключается также в том, что ему удалось преодолеть противопоставление организмоцентристского и популяционистского подходов к познанию закономерностей эволюции, доказать жизненность того и другого и возможность синтезировать материал и обобщения, полученные независимо с помощью этих подходов.
Морфобиологическая теория эволюции Северцова и учение об адаптациоморфозе Шмальгаузена служили и продолжают служить теоретической базой разнообразных исследований советских биологов — сравнительных анатомов, эмбриологов, палеонтологов, гистологов.