В конце 30-х годов XX в. Шмальгаузен (1938), исходя из учения о соотношении онтогенеза и филогенеза и теории корреляции Северцова, создал учение об организме как целом в индивидуальном и историческом развитии, а год спустя, опираясь на учение Северцова о главных направлениях эволюции, — современную концепцию путей и закономерностей эволюционного процесса.
В ходе этой работы он столкнулся с необходимостью глубже разобраться в материале и движущих силах эволюции, создав в результате оригинальную теорию стабилизирующего отбора. Капитальный труд Шмальгаузена «Проблемы дарвинизма» (1946а), в котором были подведены итоги многолетней работы ученого, вырос из обобщения фактического материала и теоретических положений как из «классических» областей биологии — сравнительной анатомии, эмбриологии, палеонтологии, филогенетики и эволюционной морфологии, так и из «новейших» экспериментальных дисциплин, и прежде всего генетики.
Сердцевиной теоретических воззрений Шмальгаузена является его концепция об организме как целом в индивидуальном и историческом развитии, в основе которой лежит теория корреляций. В последнюю Шмальгаузен внес значительный вклад. Имея в виду как онтогенетический, так и филогенетический аспекты, он предложил различать корреляции геномные (определяемые наследственными факторами), морфогенетические (определяемые передачей веществ или возбуждения) и эргонтические (определяемые функциональными зависимостями). В процессе эволюции на простом геномном основании постепенно формируются, по Шмальгаузену, более сложные надстройки — морфогенетические и, наконец, эргонтические типы связей.
Эволюционная перестройка организации происходит путем изменения соотношений вначале между органами, не связанными коррелятивно в онтогенезе (биологические координации), затем между органами, объединяемыми морфогенетическими и эргонтическими корреляциями (динамические координации), и, наконец, между органами, объединенными пространственными соотношениями (топографические координации). В 50—60-е годы, стремясь проникнуть в детали эволюции интегрирующих механизмов онтогенеза, Шмальгаузен вернулся к обсуждению основных положений своего учения об организме как целом с новых позиций — с точки зрения принципов кибернетики.