Яблоновым интенсивно развивается фенетика: исследование структуры вида и популяций на основе анализа элементарных наследственно обусловленных признаков — фенов (Яблоков, 1980 и др.).
Использование фенов, являющихся маркерами генотипической структуры популяций, позволяет проводить выделение внутривидовых группировок разного ранга на основе пространственной и временной динамики фенофонда, анализировать различные стороны микроэволюционного процесса. Развитию исследований в этом направлении способствовало проведение двух Всесоюзных совещаний по фенетике (1975 и 1979 гг.). Наиболее цельным является изучение прыткой ящерицы (Lacerta agilis) (Яблоков и др., 1981а, 1981б и др.). У этого вида выделено несколько десятков фенов в строении покровов и в окраске и изучены особенности их распространения более чем в 150 популяциях из разных частей ареала. Удалось показать, что разные фены и их комплексы маркируют различные внутривидовые группировки — от семейных до подвидовых.
Детальный феногеографический анализ позволил связать наблюдаемое распределение фенов в пространстве с послеледниковой историей формирования видового ареала и подойти к реконструкции микрофилогенеза этого вида. На отдельных модельных участках методом мечения и повторного отлова животных в течение ряда лет изучалось микропространственное распределение фенов, распространение и миграционная активность ящериц, особенности их биологии, что позволило выяснить принципы популяционной организации прыткой ящерицы.
По существу методы и принципы фенетики были использованы рядом исследователей при анализе внутривидовой структуры у полиморфных животных. В. Е. Береговой (1967 и др.) проанализировал географическую изменчивость трех видов трясогузок (Motacilla). Был выделен ряд дискретных признаков окраски и рассмотрено их распределение по ареалу. Оказалось, что разные подвиды можно охарактеризовать определенными комбинациями фенов или резко измененной их концентрацией в популяциях. Аналогичная работа была проделана и на глухаре (Береговой, Давидов, 1964). В дальнейшем Береговой исследовал полиморфизм окраски цикадки-пенницы (Philaenus spumarius). Был изучен состав популяций из разных частей ареала, для ряда популяций прослежена многолетняя динамика полиморфизма, динамика численности, биотопическое распределение и т. д. (Береговой, 1967, 1971, 1975 и др.). Полученные результаты показали, что соотношение форм достаточно четко маркирует отдельные популяции и позволяет обнаружить их границы в природе.