На современном этапе исследования этого направления связаны с разработкой проблемы на нескольких уровнях: всесторонне изучается изменчивость и пространственная структура популяций, на уровне подвидов и групп близких видов анализируются пути и механизмы видообразования.
Основные исследования генетических аспектов проблемы на модельном объекте — дрозофиле — подробно рассмотрены ранее.
Ю. П. Алтухов с сотрудниками проводит интенсивное исследование генетических процессов, протекающих в модельных подразделенных популяциях и популяционных системах Drosophila melanogaster. Эти работы являются продолжением популяционно-генетических исследований рыб, которые проводились под руководством Алтухова с середины 60-х годов. С применением серологического анализа и электрофореза белков была изучена структура популяций анчоуса в Азовском море, лососевых на Дальнем Востоке, морского окуня в Атлантике (результаты обобщены в монографии «Популяционная генетика рыб» (1974)).
Полученные данные привели Алтухова к выводу, что лональные полуизолированные популяции складываются в более крупное единство — популяционную систему, для которой характерно наличие особого типа генетического гомеостаза: разнонаправленные генетические сдвиги в отдельных локальных популяциях, происходящие под действием отбора или дрейфа, нейтрализуются в системе в целом, что обеспечивает длительное поддержание стабильности генетического состава. К аналогичным взглядам пришел Ю. Г. Рычков, изучая генетику малых народностей. Существование популяционных систем как особого уровня внутривидовой интеграции отстаивается совместно Алтуховым и Рычковым (1970 и др.) Ими же выдвинута концепция о различии поли- и мономорфизма: утверждается, что видообразование сопряжено с быстрыми и резкими перестройками в мономорфных локусах. Эти взгляды представляют модернизированную «сальтационистскую» гипотезу видообразования Р. Гольдшмидта. Выдвинутые ими положения вызвали бурную полемику (Мина, 1978, и др.).