Большой интерес для понимания природы многообразия в популяциях инфузорий, а возможно, и других простейших имеет эпигенетическая изменчивость.
Это понятие, введенное Нэнни (Nanney, 1958) и Эфрусси (Ephrussi, 1958), относится к особой форме наследуемых изменений, не связанных с качественным преобразованием генотипа (изменениями молекулярной структуры гена). Пример такого рода изменчивости дают «типы спаривания» у инфузорий. Эта форма изменчивости обеспечивает возможность конъюгации. Между тем разные (комплементарные) типы спаривания возникают в потомстве одной пары конъюгантов, обладающих идентичным генотипом (изогенных), и эти различия наследуются в десятках и сотнях поколений. Можно предположить, что в основе эпигенетических изменений лежат явления репрессии и депрессии генов. Генетические исследования агамно размножающихся амеб, проводившиеся за последние годы A. Л. Юдиным и др. (см. обзор: Юдин, 1979), делают вероятным, что эпигенетическая изменчивость у амеб играет в полиморфизме вида очень важную роль. Вопрос о роли эпигенетической изменчивости в микроэволюционных процессах ждет дальнейшей экспериментальной разработки.
Сама проблема природы и структуры вида приобретает у простейших качественно иное содержание. Как известно, вопрос о том, имеет ли место видовая форма существования жизни у организмов с облигатно агамным размножением, усиленно дискутируется в литературе.
Особый характер приобретают у простейших процессы борьбы за существование и естественного отбора. Своеобразие процессов межвидовой конкуренции и хищничества у простейших было продемонстрировано еще в классических работах Гаузе (1934 г). В его экспериментах было показано, что исход примитивных форм конкуренции у одноклеточных организмов нередко определяется интенсивностью размножения и численными соотношениями взаимодействующих форм. Взаимодействие же типа хищник—жертва носит статистический характер. Вследствие этого интенсивность взаимодействия прямо зависит от концентрации сопряженных популяций. Ввиду относительной примитивности поисковых реакций простейших нахождение жертвы или спасение от гибели достигается за счет случайного выхода на жертву или случайного ухода от хищника.