В процессе создания современной эволюционной теории работа по устранению ошибочных концепций была насущно необходимой.
Шмальгаузен в ряде работ показал несостоятельность ортогенетических, психо-ламаркистских взглядов на причины эволюции. Во многих исследованиях он критиковал ошибочность мутационистских гипотез, сводящих причины эволюции к мутагенезу. Особенно большое внимание Шмальгаузен уделил обсуждению гипотез, которые в его время представляли наибольшую опасность для развития дарвинизма — механоламаркизма и псевдодарвинизма.
По инициативе и под руководством Шмальгаузена в феврале 1948 г. в Московском университете состоялась конференция по проблемам дарвинизма. На этой конференции более половины докладов были посвящены критике псевдодарвинистских представлений об отсутствии внутривидовой конкуренции (см.: Галл, 1976).
Вместе с тем Шмальгаузен умел обнаружить в антидарвинизме ценные частные обобщения и смело включал их в канву создаваемого синтеза, как это было сделано, например, с теорией миграции. Не со всеми моментами критических работ Шмальгаузена сейчас можно согласиться. Вызывают, в частности, возражения отождествление неодарвинизма и мутационизма, оценка учения о преадаптации. Но критические оценки различных недарвиновских гипотез эволюции, разбросанные в разных трудах Шмальгаузена, представляют большую научную ценность и должны стать предметом специального исследования.
В заключение следует сказать, что тенденции к синтезу в эволюционной теории свидетельствуют о том, что путь, избранный Шмальгаузеном для объединения классических биологических наук (эволюционная морфология, эмбриология и др.) с новыми (популяционная генетика и аналогия) и с новейшими (биокибернетика, биогеоценология, молекулярная генетика) был наиболее продуктивным. Только такая широкая база современного синтеза в эволюционной теории может быть признана соответствующей требованиям науки сегодняшнего дня. Вот почему труды Шмальгаузена остаются в числе основополагающих не только для первой фазы этого синтеза, но и для его второй фазы, начавшей осуществляться в наши дни.