Кашкаров, начавший путь исследователя как «чистый» морфолог, уже с первых своих работ отмечал необходимость конкретного анализа механизма возникновения целесообразных морфологических структур вместо общих слов «о действии всемогущего отбора» (1926, с. 74).
Позднее он постоянно подчеркивал значение экологии для эволюционной теории. «Эволюция, — писал он, — происходила и происходит под контролем двух основных моментов: наследственности и среды. Генетика имеет дело преимущественно с первой, экология — со второй. И обойти экологию, не применить экологического метода исследования эволюционист ни в коем случае не должен» (1933, с. 186). В книгах «Среда и сообщество» (1933), «Основы экологии животных» (1938) Кашкаров развивает свои представления о взаимоотношении экологических исследований и эволюционной теории. Высоко оценивая работы Турессона и Синской, он приводит данные, которые по его мнению, можно интерпретировать как «экотипы в зоологии», подробно разбирает работы американских зоологов И. Гринелла (Grinell, 1922), Ж. Линсдэла (Linsdale, 1928) и Ф. Сэмнера (Sumner, 1917, 1920, 1932), показывающие адаптивный характер различий между близкими видами и подвидами по размерам, окраске, пропорциям отдельных органов.
По собственным наблюдениям автора, пустынные формы (виды, подвиды) многих птиц отличаются от лесных и прочих своими размерами и окраской (горная куропатка, славка-завирушка, большая синица и др.). Аналогичные различия отмечены Кашкаровым у горных и равнинных популяций косули, кабана. А. М. Судиловская (1935) наблюдала это явление у горных, горно-пустынных и пустынных популяций синички расписной. Виды, начинающие заселять пустыню и различные биотопы в ней: пески, глинистые участки, заросли саксаула и пр., отличаются от исходных форм пропорциями конечностей, окраской, характером суточной активности (гекконы — Шнитников, 1928; быстрая ящерка — Кашкаров, 1933).
Различия по активности отмечены у близких видов сусликов В. И. Тихвинским и М. Ф. Сосниной (1939). Кашкаров приводит по публикациям Станчинского (1927а, 1927 г), Л. М. Шульпина (1932), Промптова (1933, 1936) многочисленные примеры переселения в необычные местообитания и соответствующие им изменения в поведении, характере питания, гнездования и пр. Наконец, явно экологический характер имеют различия рас рыб, описанные Л. С. Бергом (1934), и аналогичные им формы иссыккульского османа, популяции маринки в реке и в озере Сары-Чилек. К экотипам относит Кашкаров и биологические расы насекомых (работы Буковского, 1933; Мейера, 1938, 1941; Старка, 1939). Кашкаров отмечает определенный параллелизм экологической дифференциации пустынных видов грызунов в Средней Азии и в США.