В зависимости от степени расхождения генетических систем всю группу отдаленных скрещиваний Карпеченко подразделил на «конгруэнтные» и «инконгруэнтные».
К первым относятся скрещивания организмов, у которых дивергенция еще не затронула хромосомных комплексов. Это главным образом различные межрасовые скрещивания. Ко вторым — гибридизация между разными видами, родами, т. е. формами, характеризующимися несовместимыми, или инконгруэнтными, хромосомными наборами. Раздел о конгруэнтных и инконгруэнтных скрещиваниях можно считать центральным в его теории отдаленной гибридизации, которая вошла составной частью в научно-теоретические основы селекции.
В последующее время многие отечественные ботаники рассматривали гибридизацию в качестве одного из возможных путей видообразования (Шишкин, 1954; Троицкий, 1959; Васильченко, 1960; Завадский, 1968; Жуковский, 1970, и др.).
Как особый способ возникновения видов К. М. Завадский выделил гибридогенное видообразование. Особое значение он придавал гибридам, которые занимают нетипичные для родительских видов местообитания. Например, как было показано И. А. Райковой и Н. В. Кузьминой (1958), межродовой ячменно-клинэлимусный гибрид встречался не только в местах контакта родительских видов — ячменя и клинэлимуса, но и в нетипичных для последних областях. В этом случае, по мнению Завадского, можно говорить уже об образовании популяции молодого вида, занявшего определенное место в природе.
Таким образом, вопрос об эволюционном значении гибридизации рассматривался с разных позиций. Комаров, Попов, Юзепчук решали его в систематико-морфологическом плане, Синская и в известной степени Розанова использовали экологический подход в плане изучения экотипо- и видообразования, Вавилов — с общеэволюционных, а Карпеченко — с цитогенетических позиций.