Исследование роли хромосомных перестроек в эволюции кариотипов млекопитающих, в создании изолирующих механизмов при симпатрическом видообразовании, а также у аллопатрических групп в последние 10 лет проводилось группой новосибирских ученых под руководством Н. Н. Воронцова (Е. Ю. Иваницкая, К. В. Коробицина, Е. А. Ляпунова, Л. Я. Мартынова, С. И. Раджабли и др.).
Более или менее обширный кариотипический анализ цроведен у многих групп позвоночных (слепушонки, летучие мыши, тушканчики, бараны, серебристо-черные лисы, ластоногие и др.). Показано значение робертсоновских перестроек, пери-центрических инверсий, фрагментаций, транслокаций в эволюции кариотипов, ведущих к хромосомному внутри- и межпопуляционному полиморфизму и становлению системы изолирующих механизмов при видообразовании (например, у беличьих, сурков, алтайских цокоров, песчанок, тушканчиков).
Гетероморфизм, обнаруженный у половых хромосом (например, в кариотипах хомячков) дает основание констатировать начало дивергенции при аллопатрии и симпатрии. У других групп (песчанки) констатация симпатрии базируется на различии числа (за счет робертсоновских слияний) или морфологии хромосом в карпотипах видов, тогда как аллопатрия характеризуется четкой дифференциацией по макроморфологическим различиям между особями и слабой хромосомной дифференциацией (сурки).
На основании сравнительно-кариологических данных в ряде случаев доказывается или подтверждается видовой ранг некоторых нечетких видов (например, у пищух, у сусликов).
Накопленный большой фактический материал по кариологии млекопитающих был проанализирован и обобщен с различных сторон, в том числе и с точки зрения их эволюционной значимости В. Н. Орловым (1974).
В последние годы серия работ была посвящена исследованию эволюционных преобразований кариотипов в связи с вопросом видообразования у рыб, в частности у гольцов рода Salvelinus (Р. М. Викторовский), у которых, как предполагает автор, кариотипическая эволюция шла в направлении уменьшения не только числа хромосом, но числа плеч на основе перицентрической инверсии или путем транслокаций.
В целом ряде работ на млекопитающих, а также насекомых (двукрылые) описываются только кариологически дифференцируемые виды-двойники (Н. Н. Воронцов, Т. С. Бекасова, Е. А. Ляпунова, М. Н. Мейер, В. Н. Орлов, В. Н. Стегний и др.), как результат одного из способов видообразования.
В связи с изучением эволюционного значения хромосомного полиморфизма приобретают большой интерес явления так называемого геномного полиморфизма, обнаруженного у насекомых (Л. А. Чубарева, Е. С. Щербаков), у растений (Э. А. Назарова). В последнее время предпринят анализ структуры хромосом с применением дифференциальной окраски (Т. А. Баутина, А. С. Графодатский, А. Б. Иорданский, С. И. Раджабли) и по спутничным хромосомам (Е. С. Беляева, Л. И. Вахтина, Г. П. Ямполь и др.).