Центральной темой теоретико-методологических работ стал анализ роли генетики в развитии эволюционной теории. Именно генетика доказала ошибочность передачи по наследству приобретаемых признаков.
Она восполнила пробел в знаниях о материале для действия естественного отбора. Генетика позволила осознать эволюцию как статистически-вероятностный процесс, идущий в популяциях. Вот что писал А. С. Серебровский: «...филогенез является массовым событием, захватывающим миллионы особей, связанных между собой сложными связями, тогда как физиологические рассуждения как Ламарка и Берга, так и де Фриза, приложимы в равной степени и к тысяче организмов и к одному единственному» (Серебровский, 1929а, с. 58). К таким же выводам, устранявшим в целом организмоцентристские представления об эволюции, пришли и Н. П. Дубинин (1929), и И. И. Агол (1930). Таким образом, не только в теоретических и экспериментальных исследованиях, но и в методологических работах проводилась линия на синтез генетики и дарвинизма.
Положение диалектического материализма об историческом характере законов развития способствовало постановке актуальной проблемы эволюционной теории об изменении в процессе эволюции самих факторов и причин эволюции (Дубинин, 1932; Шапиро, 1938; Шмальгаузен, 1939; Парамонов, 1945).
В 20—30-е годы проявились натурфилософские попытки решения проблем эволюционной теории, когда частные проблемы науки, подлежащие экспериментальной проверке, неоправданно возводились в ранг философских проблем. Было высказано немало ошибочных суждений о взаимоотношениях между эволюционной теорией как биологической наукой и философией. В результате выдвигались сомнительные призывы переработать якобы метафизический дарвинизм в особую диалектико-материалистическую теорию эволюции под которой обычно подразумевали механоламаркизм или псевдодарвинизм (Т. Д. Лысенко, Г. В. Никольский, И. И. Презент). Естественно, что попытки реализовать подобные призывы не могли способствовать развитию ни самой эволюционной теории, ни ее методологических основ.
Однако не эти ошибочные призывы, а труды крупнейших биологов-дарвинистов Вавилова, Дубинина, М. Завадовского, Парамонова, Сукачева, Шмальгаузена дают объективное и однозначное представление об эффективности использования методологии диалектического материализма в эволюционной теории. К концу 30-х годов диалектический материализм практически стал методологической основой всех обобщающих работ советских биологов, выполненных с позиций современного дарвинизма.