Не достигнуто еще согласия в понимании отношения элементарных факторов эволюции к естественному отбору.
Одни авторы считают элементарными эволюционными факторами мутационный процесс, популяционные волны, изоляцию и даже сам естественный отбор. При этом они убеждены, что любой из них в случае возрастания его «давления» может занимать доминирующее положение. Другие считают, что подобные построения упрощают проблему, уменьшая число факторов эволюции. Недооцениваются, например, значение поведения животных, роль фенотипа в эволюции, структура популяций, различия способов размножения и некоторые другие факторы. В число важнейших факторов эволюции должна быть включена также борьба за существование как основа действия естественного отбора.
До сих пор продолжаются дискуссии по вопросу о симпатрическом видообразовании, о соотношении генетико-автоматических процессов (дрейфа генов) и отбора, о механизмах внутрипопуляционной конкуренции, о групповом отборе и его роли в эволюции.
К не решенным еще до конца следует также отнести вопросы, возникающие в связи с неполнотой геологической летописи природой крупных филетических хиатусов и происхождением высших таксонов, возможностями и причинами огромных ускорений эволюционного процесса па относительно малых отрезках геологического времени. Дискуссионным остается также вопрос о ведущей роли в эволюции абиотических или же биотических факторов.
Иногда встречаются мнения, что столь значительное количество нерешенных проблем — свидетельство слабости синтетической теории эволюции. В действительности же они подчеркивают ее творческий, динамический характер.