Переоткрытие закопов Менделя положило начало сложному периоду в развитии эволюционной теории из-за острейшей коллизии между данными и обобщениями генетики и концепцией о ведущей роли естественного отбора в эволюционном процессе.
На первый взгляд, эта коллизия представляется странной, так как экспериментальная генетика устранила ряд трудностей, вставших перед теорией естественного отбора во второй половине XIX в. Данные экспериментальной генетики опровергли идею наследования приобретенных признаков, разрушив главные устои механоламаркистской доктрины эволюции. Менделизм устранил одно из основных
затруднений теории об аккумулятивном характере действия естественного отбора, оно было связано с гипотезой «заболачивающего» (swamping) эффекта скрещивания, якобы нивелирующего действие отбора. На это обстоятельство уже в то время обратил внимание Тимирязев (1908), а также Делаж и Гольдсмит (1916). Корпускулярная теория наследственности доказала, что единичные изменения полностью воспроизводятся в следующих поколениях. Генетика заменила спекулятивные гипотезы надежными доказательствами природы наследственности, обосновала понятие о гене и о хромосоме как носителе «вещества наследственности». Не меньшее значение имело также установление принципа чистоты гамет, законов доминирования, расщепления и сцепления признаков, доказательства существования мутационного процесса и разработка методов гибридологического анализа. Тем самым, как отмечал в 1926 г. С. С. Четвериков, «дарвинизм. .. получил в лице менделизма совершенно неожиданного и мощного союзника» (1968 с. 156).
Однако взаимоотношение дарвинизма с менделизмом началось с острого столкновения, обусловленного несколькими причинами. В период, формирования генетики ее экспериментальные методы противопоставлялись представлениям из области эволюционного учения. «Мы не нуждаемся более в общих идеях об эволюции», — писал У. Бэтсон (Bateson, 1914, р. 642). Научное значение исторического метода в биологии отрицали и другие крупнейшие генетики — де Фриз, Р. Пеннет, Я. Лотси. Это порождало своеобразный эмпирический скептицизм в подходе к эволюционной проблематике.