Более тонкие нюансы формирования фауны на территории России отражаются в малых по площади эндемичных ареалах. Они представляют особый интерес для биогеографов и привлекают наибольшее внимание зоологов в связи с задачами охраны, восстановления и расселения видов и популяций.
Широко известные «краснокнижные» эндемики - представитель европейской фауны выхухоль (Desmana moschata), гнездящиеся на Таймыре, Гыдане и Ямале краснозобая казарка (Rufibrenta ruficollis), в тундрах Якутии и в болотах низовий Оби белый журавль, или стерх (Grus leucogercinus), на севере Якутии и в нескольких других местах тундры знаменитая розовая чайка (Rhodostethia roseci), обитатель дальневосточной тайги дикуша (Falcipennis falcipennis) и др. Среди эндемиков России есть виды с очень малыми ареалами. Например, голец Световидова (Salvelinus svetovidovi), обитающий только в одном озере метеоритного происхождения в верховьях Анадыря, голец Шмидта (S. schmidti) - эндемик Камчатки, где живет только в Кроноцком озере и в бассейне одноименной небольшой реки.
Крошечными ареалами обладают до сих пор мало изученные даллии - амгуэмская (Dallia admirabilis) и пильхыкайская (D. delicatissima), обитающие в отдельных небольших речках и озерах. Малые гнездовые ареалы свойственны некоторым видам птиц Сибири. Таков слабо изученный исчезающий тонкоклювый кроншнеп (Numenius tenuirostris). Ряд эндемиков характерен для фауны юга Дальнего Востока, например - реликт тропической фауны уссурийский палочник (Baculum ussurianum). Узкоареальные виды чрезвычайно уязвимы, именно такие виды быстро исчезают при сильных воздействиях человека. Яркий пример такой судьбы - крупное водное млекопитающее, представитель отряда сирен - морская, или стеллерова корова (Hydrodamalis gigas), обитавшая в прибрежных водах Командорских островов и полностью уничтоженная в середине 18 века.