При организации биоценологических работ возникают большие трудности, связанные с дефицитом кадров квалифицированных экологов, неосведомленностью исполнителей отдельных разделов комплексных работ об общем содержании и целях экологии и недооценкой ее значения многими специалистами, недостаточным пониманием задач исследований, осуществляемых другими членами комплекса исполнителей.
Изучение сообществ включает несколько аспектов: структурный (доминирование, видовое разнообразие, видовая насыщенность, соотношение приспособительных типов и т.д.); хорологический (пространственное распределение ценозов и их структура в зависимости от общих климатических, зонально-поясных, региональных, ландшафтных и биотопических особенностей среды); сукцессионно-динамический (циклические и необратимые процессы, обусловленные изменением среды как в результате взаимоотношений внутри ценоза, так и под влиянием антропогенных воздействий); функционально-ценотический (трофические, симбиотические, антибиотические, конкурентные и другие отношения, средообразующая деятельность и т.д.); энергетический (трофические уровни, поток энергии, формирование биологической продуктивности); биогеохимический (механизмы круговорота веществ в биогеоценозе и в биосфере). Все эти аспекты исследований должны быть подчинены общей задаче раскрытия механизмов функционирования природных комплексов с целью прогнозирования изменений и разработки принципов управления ими на основе моделирования главнейших протекающих в них процессов.
Биоценологические исследования плодотворны, если они основываются на надежных ботанических, зоологических, эколого-физиологических, микробиологических и других материалах. Биоценологические работы, направленные на решение важнейших народнохозяйственных задач, невозможны без хорошего знания флоры и фауны исследуемого района и экологических особенностей главнейших видов. Поэтому развитие экологии - один из факторов дальнейшего развития систематики растений и животных и других классических биологических наук, целенаправленного планомерного изучения растительного и животного населения отдельных зон и регионов.