Основные типы местных обитаний водяной крысы, к которым приурочены очаги ее интенсивного размножения,— низинные осоково-кочкарниковые болота (как открытые болота, так и заболоченные колки).
Грызуны устраивают свои гнезда в кочках, трухлявых пнях, среди корней, по луговым окраинам болот и т. д. (Максимов, Андрусевич, 1959). Меньшинство популяции живет также в озерных котловинах и по берегам речек.
Основные зимние места обитаний водяной крысы приурочены здесь к полям, открытым и залесенным лугам и огородам (Максимов, 1959а; Фолитарск, Максимов, 1959), где грызуны живут зиму в земляных норах (Максимов, Андрусевич, 1959).
Годовой цикл жизни водяной крысы характеризуется резкой сезонной сменой мест обитания: летом — кочкарники и заболоченные колки, осенью и зимой — сельскохозяйственные угодья (Фолитарек, Максимов, 1959). Такие сезонные переселения особенно здесь заметны в связи с обилием вида.
Так как ландшафт мозаичен, размещение поселений водяной крысы в пределах описываемой территории кружевное, диффузное (Максимов, 1959а).
Размещение основных ландшафтных типов очагов водяной крысы.
I (2, 3) — барабинские лесостепные болотные очаги водяной крысы; 2 — районы интенсивных массовых размножений и большой вредной деятельности водяной крысы; 3 — районы менее интенсивных массовых размножений и очагов вредной деятельности водяной крысы.
II (4, 5, 6) — чановско-карасукские озерные очаги водяной крысы; 4 — Усть-Таркско-Барабинский лесостепной озерно-болотный очаг; 5 — Чистоозерно-Веселовский лесостепной озерный очаг; 6 — Карасукский степной озерный очаг.
III (8, 9) — обские пойменно-речные очаги водяной крысы; 8 — Колыванский пойменный очаг; 9 — Сузунский пойменный очаг.
IV (11, 12)—долинно-ручьевые очаги водяной крысы в лесостепных и таежных районах предгорий Салаира; 11 — предгорный лесостепной очаг; 12 — предгорный -таежный очаг. Районы с низкой численностью водяной крысы: 1 — Южно-Васюганская заболоченная тайга; 7 — лесостепь Приобского плато; 10 — приобские боры; 13 — границы распространения ландшафтных типов очагов водяной крысы; 14 — границы распространения местных вариантов очагов водяной крысы.