В 1896 г. Мюллингом (Muhling) было опубликовано описание трематод Cyathocotyle prussica n. gen., n. sp., паразитирующих в кишечнике морянки.
Автор отмечает, что описанная им форма занимает промежуточное положение между дистомами и голостомамп. Наличие органа фиксации (органа Брандеса), расположение полового отверстия на заднем конце тела и крупные размеры яиц сближали новых трематод с голостомами. В 1898 г. Мюллинг обосновал для рода Cyathocotyle подсемейство Cnathocotylinae в составе семейства Holostomidae.
Работы Мюллинга положили начало изучению подотряда Cyathocotylata. Вторая четверть текущего столетия была периодом интенсивного изучения видового состава группы. В это же время в своей основе сложилась и структура подотряда. В последнее время заметно возрос интерес к изучению биологических циклов циатокотилят и отдельных фаз их онтогенеза.
Похе (Poche, 1925) в своей известной работе «Система платодарий» объединяет циатикотилят в самостоятельное семейство с единственным типичным подсемейством, в состав которого, кроме типичного рода, включает роды Prohemistomum и Paracoenogonimus. Последний был обосновал для трематод, выращенных в эксперименте из метацеркариев. Первоначально род относился к гетерофиндам. Следует заметить, что род Braunina Heider, 1900, характерный наличием бурсы цирруса, не был включен Похе в состав рассматриваемого семейства и ошибочно отнесен к семейству. Strigeidae. Система Похе приведена ниже.