Обследование живых животных ограничивается взятием мазков с чешуи и плавников. При желании можно произвести исследование фекалий. Полной уверенности в том, что рыба заболела от кишечных паразитов при исследовании фекалий можно и не получить, поскольку часто, несмотря на сильную инфекцию, ни паразитов, ни личинок или яиц глистов в экскрементах не обнаруживается. Если обнаруживаются изменения чешуи, такие, как плесневидные или млечные (хилозные) налеты, белые точечки, повреждения или кровоподтеки, и рыбы трутся боками о грунт, то здесь речь идет о кожных паразитах.
Выбранную рыбу вылавливают из общего или карантинного аквариума и пересаживают в пластиковый аквариум емкостью 2 литра. Здесь более тщательно можно рассмотреть подозрительные места. Для микробиологического исследования снимают мазки с помощью полоски стекла. Действовать нужно аккуратно и быстро, чтобы не утомить и без того ослабленное болезнью животное. Если рыбки большие или колючие, то рекомендуется их обездвижить с помощью трикаина (Tricain), поскольку они могут вас сильно поранить своими плавниковыми шипами. Затем рыбу вынимают из аквариума и берут в руку. Хвостовой плавник кладется на предметное стекло, после чего шпателем или лучше покровным стеклом снимают немного слизи с пораженных мест. Проводите стеклом сверху вниз вдоль чешуи, в противном случае вы чешую просто счистите, и рыба точно погибнет. Далее снимите образцы слизи с хвостового плавника. Эта слизь находится теперь как на предметном, так и на покровном стеклах. Рыбу под наркозом сразу же по снятии мазков помещают в воду (в аквариум без трикаина) и она приходит в чувство довольно быстро. К взятой для исследования слизи добавляют каплю воды (капают на предметное стекло) и осторожно сверху кладут покровное стекло. Желательно, чтобы между стеклами не было воздушных пузырей. Затем выбирают соответствующее увеличение микроскопа.