Возможным врагом южного кита может быть только косатка. Болезни и смертность этих китов не изучены.
На всех без исключения южных китах паразитируют китовые вши, во множестве поселяющиеся на роговых наростах, на подбородке, нижних челюстях и в области мочеполовой щели. На китах Северного полушария известны три вида китовых вшей: обычно Cyamus ovalis (рис. 72), редко С. erraticus и С. ceti. На австралийском подвиде выявлена Paracyamus gracilis. На некоторых китах поселяются усоногие ракообразные. В Тихом океане известна Coronula reginae на бискайских китах С. biscayensis. В 1955 г. впервые, а затем в 1963 и в 1968 гг. на нескольких китах из Охотского моря и курильских вод обнаружено слабое обрастание диатомовыми водорослями — Cocconeis ceticola (Клумов, 1962; Omura et al., 1969).
Зараженность гельминтами меньшая по сравнению с полосатиками. Известно только два вида цестод и три вида окантоцефалов.
Найденная у японского и австралийского подвидов цестода Priapocephalus grandis Nybelin, 1922, паразитирующая в кишечнике, известна также у трех видов полосатиков, a Tetrabothrius ruudi Nybelin, 1928 — в тонких кишках только японского подвида.
Рис. 72. Эктопаразиты южного японского кита — китовые вши, Cyamus ovalis и усоногие раки, Coronula reginae (рис. Н.Н. Кондакова)
Из трех видов скребней в толстой и прямой кишках японского и бискайского подвидов паразитирует Bolbosoma brevicolle Malm, 1867, которая найдена еще у трех видов полосатиков и у кашалота. Другой вид, Bolbosoma turbinella Deising, 1851, кроме японского и бискайского китов, найден еще у пяти других видов крупных китообразных. Широко распространенная Bolbosoma nipponicum Yamaguti, 1939, обнаруженная в тонкой и слепой кишке японского подвида, паразитирует также еще у шести видов китообразных и двух видов ластоногих (Margolis, 1954; Клумов, 1962).
Пищевым конкурентом в первую очередь может быть гренландский кит, питающийся теми же видами мелких ракообразных, однако в местах интенсивного питания эти два вида обычно не встречаются. Оказалось, что состав пищи кормившихся в одном и том же районе японского подвида и голубого кита оказался различным. Однако Omura et al., (1969) считают, что севернее Алеутских островов основным объектом питания этим китам служит Calanus cristatus, а в заливе Аляска японский кит конкурирует с сейвалом в питании С. plumchrus. В Антарктике основным кормовым объектом для всех видов усатых китов (в том числе и южного) служит криль.