Врагом горбачей считают косатку, однако в Антарктике неоднократно наблюдали группы горбачей, спокойно плавающих невдалеке от борта китобазы, которые не выказывали никакого беспокойства при приближении к ним стаи косаток. В свою очередь, косатки не проявляли никаких агрессивных намерений и не пытались напасть. Иногда к врагам горбачей причисляют меч-рыбу.
На горбатых китах встречается гораздо больше поселенцев, чем на китах других видов. Обычно вся область горло-брюшных складок густо усеяна раковинами усоногих (рис. 60), которые нередко располагаются также в области половой щели, на грудных плавниках и иногда на хвостовых лопастях. Спина и бока обычно не обрастают. Из усоногих чаще других встречается Coronula diadema, раковины которых иногда достигают до 100 мм и более в диаметре, и С. regina (рис. 61). На коронулах, в свою очередь, поселяются гроздья крупных морских уточек Conchoderma auritum. Настоящими паразитами, питающимися за счет хозяина, являются китовые вши (Amphipoda). Обычно это Paracyamus boopis, реже Cyamus elongatus (рис. 62). Они во множестве поселяются в тех местах, где имеются повреждения или неровности кожи. Особенно многочисленны они в области полового отверстия, где нередко сидят в несколько слоев; на подбородке, на большом наросте — на конце нижней челюсти и между раковинами коронул.
Рис. 60. Усоногие реки, коронулы, Coronula diadema, на брюшных полосах горбатого кита (фото В.А. Земского)
Рис. 61. Участок кожи горбатого кита с морскими уточками, Conchoderma auritum (фото В.А. Земского)
Рис. 62. Китовые вши, Paraciamus boopis горбатого кита (рис. Н.Н. Кондакова)
Обрастания тела горбачей диатомовыми водорослями в Северном полушарии не происходит. В Южном полушарии отмечено небольшое количество представителей родов Cockoneis и Licmophora. Кроме этого, на усовом аппарате китов из района о-ва Южная Георгия обнаружены жгутиковые Hemetophagus. У берегов Британской Колумбии известны повреждения кожи миногами (Зенкович, 1935, 1937; Томилин, 1957; Ивашин, 1965).
Гельминтофауна горбачей беднее, чем других полосатиков. У них обнаружено всего два вида нематод и три вида акантоцефалов.
В урогенитальной системе найдена нематода Crassicauda Boopis Baylis, 1920. Она встречается только у китов из Атлантического океана и Охотского моря и, кроме горбача, известна лишь у финвала. Crassicauda crassicauda creplin, 1829 паразитирует также в урогенитальной системе горбача и известна еще у семи видов китов. Обнаружена в Атлантическом океане, в Северном и Южном полушариях.
Из скребней паразитом кишечника бывает Bolbosoma balaenae Glemin, 1790, которая найдена у семи видов китов (включая горбача) из Исландии и Тасманова моря. Другой кишечный паразит горбача Turbinella Deising, 1851 обнаружен в Атлантическом и Тихом океанах и найден у шести видов усатых и зубатых китов. В. nipponicum Yamaguti, 1939 найдена в тонких и слепой кишке горбатого и еще у семи видов китов и двух видов ластоногих (De la Mare, 1958, 1961; Скрябин А, 1959; Томилин, 1962).
У горбачей Южного полушария найдена аскарида Anisakis sp., а на усовом аппарате кита из вод Южных Шетландских островов — нематода-комменсал Odontobius ceti Roussel, 1834.
Смертность горбатых китов изучена слабо. В Северной Атлантике смертность в течение первых четырех лет жизни составляет от 2 до 17% (Kraus, 1990). Примерно треть всех смертных случаев связана с деятельностью человека (раны от винтов кораблей, попадание в сети и т.д.).
Пищевыми конкурентами могут быть киты других видов, поскольку в Антарктике киты всех видов поедают преимущественно криль. Однако никаких внешних проявлений пищевой конкуренции не отмечено.