Врагами голубых китов считают косаток, однако многочисленные рассказы о нападении косаток на этих гигантов звучат неубедительно.
Болезни не изучены. Исследование музейных скелетов показало, что на некоторых экземплярах отмечаются экзостозы грудины, лопатки, позвонков и других костей. Известен один случай фибро-папилломотозного разрастания на плевре у взрослой самки, образовавшейся в результате плеврита, или абсцесса легких (Томилин, 1957).
Киты Северного полушария эктопаразитами заражены меньше, чем антарктические. Найдено четыре вида накожных ракообразных — веслоногие Penella balaenopterae (рис. 51), усоногие Coronula regina, Conchoderma auritum, Xenobalanuus globicipitis; китовые вши — амфипода Cyamus sp. На цедильном аппарате найдены Balenophilus unisetus и нематода Odontobius ceti.
Обрастание кожи китов пленкой диатомовых водорослей обычно. На антарктических голубых китах найдено семь видов диатомовых, а на китах из северной части Тихого океана — более 30 (Nemoto, 1956). Обрастание происходит в период пребывания животных в холодных водах, а за время нахождения китов в районах зимовки диатомовые погибают.
У голубых китов определено 15 видов гельминтов. В кишечнике паразитируют три вида трематод. Ogmogaster antarcticus Johnston, 1931 найдена у голубого кита из Антарктики, у двух видов антарктических тюленей и у финвала из северной части Тихого океана. Ogmogaster plicatus Creplin, 1829, кроме голубого кита из Атлантического и Тихого океана Северного полушария, известна еще у трех видов полосатиков. Ogmogaster grandis A. Skrjabin, 1970 обнаружена в прямой кишке голубого кита, финвала и сейвала из Антарктики.
Рис. 51. Пенелла, Penella balaenopterae паразит голубого кита (рис. Н.Н. Кондакова)
В кишечнике паразитируют также два вида цестод. Tetrabothrius affinis Lonnberg, 1892 найдена еще у финвалов и сейвалов, добытых у берегов Европы, Южной Америки, Новой Зеландии и в Антарктике. Ptiapocephalus grandis Nybelin, 1922, кроме голубого кита, паразитирует у финвала, сейвала и южного кита.
Нематод известно четыре вида, из которых паразитирующая в кишечнике голубого кита Anisacis (Anisacis) simplex Rudolphi, 1809 обнаружена в пищеводе, кишечнике и желудке еще у двух видов полосатиков и у многих видов зубатых китов из Северного моря и Тихого океана (в обоих полушариях), а также у сивуча. У голубого кита в желудке и кишечнике найдена Terranova (Terranova) decipiens Krabbe, 1878, часто встречающаяся у ластоногих, обнаруженная у четырех видов китообразных и у животных из многих морей Северного и Южного полушарий. В урогенитальной системе голубого кита и семи других видов китов из Атлантического океана найдена Crassicaudata crassicaudata Creplin, 1829. В почках голубого кита из дальневосточных морей обнаружена нематода Crassicauda yortilis A. Skrjabin, 1958.
Акантоцефалов известно шесть видов. В кишечнике голубого кита и еще шести видов китов из Исландии и Австралии найдена Bolbosoma balaenae Gmelin, 1790. В толстой и прямой кишке голубого и еще пяти видов китов из Атлантического океана (обоих полушарий) паразитирует В. brevicole Malm, 1867. В. hamiltoni Baylis, 1929 найдена в кишечнике голубого кита и финвала только из вод о-ва Южная Георгия, а В. turbimella Deising, 1851, известная из Атлантического и Тихого океанов Северного и Южного полушарий, паразитирует в кишечнике голубого и пяти других видов китов. Кроме голубого, в тонких и слепой кишках многих видов китообразных и двух видов ластоногих найдена В. nipponicum Jamaguti 1939. Наконец, В. paramuschiri A. Skrjabin, 1958 обнаружена в кишечнике голубого кита из вод Курильских островов (De la Mare, 1955; Скрябин А., 1958, 1970).
На коже голубых китов обычно располагается много крупных (3—4 см) овальных светлых пятен, появление которых приписывается деятельности усоногих раков. Предполагали, что эти пятна являются результатом деятельности в теплых водах болезнетворных реснитчатых Protozoa (Томилин, 1957).
Смертность голубых китов не изучена. Пищевыми конкурентами могут быть все полосатики, особенно в Антарктике, а также некоторые виды тюленей, пингвинов и других птиц, питающихся ракообразными.